La gouvernance du PEPR pilote le suivi scientifique et budgétaire de tous les projets, leur coordination et leur mise en cohérence globale. Elle est aussi chargée de la vérification de leur adéquation avec la SNQ et veille à la dissémination des résultats vers les communautés scientifiques associées et le grand public, ainsi que leurs valorisations scientifiques et industrielles.